SOURCE CODE FOR DELIVERABLES

BioSPICE v.2.0 Agents

• Network Client    :   Client.java  NetworkClient.java

 
• PKAagent           :   Master.java   PKA.java   SimulatePKAagent.java

 
• SGRA                 :   Master.java  GeneRegulation.java  SimulatateGeneRegulationAgent.java

 
• Phosphorylation   :   Master.java  Phosphorylation.java  PhosphorylationAgent.java

 
• RateEquation       :  Master.java  RateEquation.java  RateEquationAgent.java

 
• Stimulus              :   Stimulus.java  StimulateSimulus.java

 

BioSPICE v.3.0 Models and Kernels

• Models

 
• Circadian   :   CircadianModel.jan  ReducedCircadianModel.jan

• Memory    :   memoryModel.jan  memorySBML.xml  MemorySBML.jan

 
• Kernels
 
• GeneRegulation    :   apuchReg.jan  apuchReg.xml

 
• PKA                   :   PKA.jan  PKAkernel.xml

 
• Phosphorylation   :   phosP38.jan  phosP38.xml

 
• RateEquation       :  cAMPRateEquation.jan  cAMPRateEquation.xml